海王星辰擁有的物流配送系統，在貨物分揀、儲存、運輸、以及信息處理等各方面都有完善的專業標準。目前公司采用SAP ERP系統、中科巨龍電子標簽輔助揀貨系統及RF系統，支持業務的持續擴展以及有效控制運營成本、提高運營效率。全部商品在門店的陳列、銷售、以及分類藥品的登記管理都有完善的流程和措施。
海王星辰連鎖藥店已成為目前中國大陸直營門店數較多的藥店連鎖，目前擁有2000多家健康連鎖藥房，分布在全國70多個城市。在2006－2011年，海王星辰連續六年直營門店數名列前茅。 2012年，海王星辰實現了含稅營業額人民幣37.9億。